
Parker und sein Team machen Jagd auf Carla Marino, die mutmaßlich Parkers Vater ermordet haben soll. Als er erfährt, dass seine Schwester Harriet, die ebenfalls bei der Navy arbeitet, den Fall betreut, ist er ganz und gar nicht begeistert. Die Geschwister haben sich nichts mehr zu sagen und Parker ermittelt auf eigene Faust weiter. Dabei ahnt er nicht, dass Harriet jedes Mittel recht ist, um die Terroristin zu stoppen.
Parker überlebt die Explosion auf dem Schiff nur knapp. Gemeinsam mit seinem Team macht er weiter Jagd auf Carla, die ihre Enkelin Lauren als Geisel hält. Obwohl seine Schwester Harriet ihm erneut Steine in den Weg legt, lässt sich Parker nicht beirren. Er muss Carla stoppen und Lauren befreien. Auf Kuba kommt es schließlich zum ultimativen Showdown
Sawyer arbeitet gemeinsam mit Knight und Torres an einem komplizierten Fall, als dieser über plötzlich eintretende Bewusstseinsveränderungen klagt. Schnell wird klar: Torres ist nicht mehr Herr seiner Sinne und halluziniert. Offenbar wurde er von einer Schallwellenwaffe getroffen, die spurlos verschwunden ist. Können die Ermittler den Dieb finden, bevor er noch weiteren Schaden anrichtet?
Das NCIS-Team ermittelt im Fall der entführten Molly Delgado. Als die Agenten ihren verlassenen Wagen finden, führen die Spuren zu Brett Gaines, dessen Frau Claire ebenfalls spurlos verschwunden ist. Claire ist Mitglied eines Buchclubs, ebenso wie Molly. Als diese überraschend wieder auftaucht, machen die Ermittler eine schreckliche Entdeckung.
Die Flucht eines Häftlings, dessen Strafe nur noch drei Wochen gedauert hätte, zwingt das Team dazu, den Fall des Todes eines Marineoffiziers wieder aufzunehmen, der ursprünglich in den 90er Jahren von Gibbs und Franks untersucht worden war, und die Hilfe der pensionierten Spezialagentin Vera Strickland in Anspruch zu nehmen. Außerdem hat das Team unterschiedliche Ansichten darüber, was in einer speziellen Zeitkapsel der Marine aufgenommen werden soll. Crossover mit Navy CIS: Origins
Als McGee während der Promotion für sein neuestes Buch aus der Deep Six-Krimireihe entführt wird, untersucht das Team seinen selbsternannten "größten Fan", und eine mögliche Verbindung zu einem Mordfall, bei dem geheime Dokumente gestohlen wurden.
Ein entführter Teenager führt das Team zu einem Navy SEAL, der die Gefangenschaft durch die Taliban überlebt hat, aber nach seiner Rückkehr möglicherweise einen Mord begangen hat. Außerdem teilt Jimmy seinem Chef endlich seine Erkenntnisse über den mysteriösen Tod von Parker's Mutter mit.