
Parker und sein Team machen Jagd auf Carla Marino, die mutmaßlich Parkers Vater ermordet haben soll. Als er erfährt, dass seine Schwester Harriet, die ebenfalls bei der Navy arbeitet, den Fall betreut, ist er ganz und gar nicht begeistert. Die Geschwister haben sich nichts mehr zu sagen und Parker ermittelt auf eigene Faust weiter. Dabei ahnt er nicht, dass Harriet jedes Mittel recht ist, um die Terroristin zu stoppen.
Parker überlebt die Explosion auf dem Schiff nur knapp. Gemeinsam mit seinem Team macht er weiter Jagd auf Carla, die ihre Enkelin Lauren als Geisel hält. Obwohl seine Schwester Harriet ihm erneut Steine in den Weg legt, lässt sich Parker nicht beirren. Er muss Carla stoppen und Lauren befreien. Auf Kuba kommt es schließlich zum ultimativen Showdown
Als der Tod eines Unteroffiziers mit einer Erpressungsermittlung in Verbindung gebracht wird, muss das Team bei diesem Fall mit Special Agent Sawyer zusammenarbeiten, was für Torres eine erschreckende Wendung nimmt. Unterdessen erhält Knight das Angebot, bei der NCIS Elite zu trainieren.
Das Team ermittelt gegen einen US-Marine, der vermutlich die Frau eines der mächtigsten Männer im Justizministerium entführt hat.
Die Flucht eines Häftlings, dessen Strafe nur noch drei Wochen gedauert hätte, zwingt das Team dazu, den Fall des Todes eines Marineoffiziers wieder aufzunehmen, der ursprünglich in den 90er Jahren von Gibbs und Franks untersucht worden war, und die Hilfe der pensionierten Spezialagentin Vera Strickland in Anspruch zu nehmen. Außerdem hat das Team unterschiedliche Ansichten darüber, was in eine spezielle Zeitkapsel der Marine aufgenommen werden soll.
Als McGee während der Promotion für sein neuestes Buch aus der Deep Six-Krimireihe entführt wird, untersucht das Team seinen selbsternannten "größten Fan", und eine mögliche Verbindung zu einem Mordfall, bei dem geheime Dokumente gestohlen wurden.
Ein entführter Teenager führt das Team zu einem Navy SEAL, der die Gefangenschaft durch die Taliban überlebt hat, aber nach seiner Rückkehr möglicherweise einen Mord begangen hat. Außerdem teilt Jimmy seinem Chef endlich seine Erkenntnisse über den mysteriösen Tod von Parker's Mutter mit.