Beck ist gerade auf dem Rückweg vom Training mit Tron, da wird er von einer Streife Recognizer aufgespürt und festgenommen. Im Transport lernt er den Mitgefangenen Cutler kennen. Dieser hat schon einige Sachen von Renegades Aktionen gehört und würde sich gern dem Wiederstand anschließen. Doch zunächst müssen alle Gefangenen den Kampf im Kolosseum überstehen. Derweil sind Becks Freunde Mara und Zed in der Stadt unterwegs, als Zed die attraktive Perl kennen lernt. Sie scheint ein Auge auf den jungen Mann geworfen zu haben.
Als Cutler während des Spiels den Kampf gegen Beck aufgibt, wird er zur Desintegration verurteilt und Beck wird freigelassen. Mit der Unterstützung von Tron kann Beck als Abtrünniger Cutler retten und bittet ihn, andere Programme für die Revolution zu rekrutieren.
Beck und Tron bemühen sich gemeinsam, Becks gestohlenen Diskus zurückzuholen. Wenn sie ihn nicht rechtzeitig finden, wird Beck sein Gedächtnis verlieren. Ihre Suche führt sie in eine von Verbrechern beherrschte Stadt, wo sie es mit zwielichtigen Gestalten zu tun bekommen, die ihnen vielleicht helfen können oder aber den Abtrünnigen ausliefern werden.
Zeds Versuch, das Argon-Rennen mit seinem neuen Bike zu gewinnen, wird von Teslers Bohranlage zunichte gemacht. Er schiebt es jedoch auf den maskierten Abtrünnigen Beck. Paige fordert Zed auf, sich einem Team anzuschließen, das den Abtrünnigen finden und unschädlich machen soll.
In einer virtuellen Welt wird das Programm BECK der Anführer einer Revolution gegen das korrupte Regime. Die Mission: Seine Heimat und seine Freunde aus den Händen der Anführer zu befreien. Um diese Aufgabe zu erfüllen wird Beck von dem legendären Programm TRON trainiert, das schon nach kurzer Zeit sein Mentor wird.
Als Beck einen besonders mächtigen Diskus in die Hände bekommt, nimmt Tron ihm das Versprechen ab, ihn zu vernichten, da er fürchtet, der Diskus könnte in die Hände der Feinde fallen. Obwohl Beck versucht ist, ihn zu behalten, bricht er ihn entzwei, was Pavel jedoch nicht daran hindert, einen Weg zu finden, wie er ihn benutzen kann.
Beck versucht sich von seiner Verantwortung als der Abtrünnige zu lösen, um mehr Zeit mit Mara und Zed zu verbringen. Die Probleme spitzen sich zu, als Tesler öffentlich den Bewohnern des Rasters als Belohnung dafür, dass sie ihm den Abtrünnigen ausliefern, einen schicken neuen Wagen anbietet, was leider zur Verhaftung von Zed und Mara führt.
Tron besteht darauf, dass Beck Dyson gefangen nimmt und in ihr Versteck bringt. Er sagt ihm jedoch nicht, warum. Beck entdeckt, dass Dyson den ISO’s die Schuld dafür gibt, dass ihm einst ein schreckliches Unrecht geschen ist, welches ihn loyal zu Clu werden und Tron verraten ließ. Als Beck Tron vorwirft, einen privaten Rachefeldzug gegen Dyson zu führen, greift Tron Beck an und stiehlt ihm seinen Diskus, fester entschlossen denn je, seinen Feind zu finden.
Wird Beck Tron davon abhalten können, Dyson aus Rache zu ermorden?
The Renegade wird von Tesler zu einem Showdown herausgefordert, aber Beck wird in der Werkstatt von Able zurückgehalten. Die Situation zwingt Beck dazu, sich zwischen seinen Pflichten Able gegenüber und seiner Verantwortung als The Renegade zu entscheiden.
Mara versucht, während Ables Abwesenheit das Management der Garage zu übernehmen und dadurch ihre Führungsqualitäten unter Beweis zu stellen.
Beck gerät in eine Falle und entdeckt ein schockierendes Geheimnis. Able findet heraus, dass eine Superwaffe gebaut werden soll.
Der Abtrünnige heuert drei frutlose Witzbolde an.
Mara wird einer Gehirnwäsche unterzogen.
Beck versucht, eine geflohene Wissenschaftlerin der Regierung davor zu bewahren, gejagt und gelöscht zu werden. Dazu muss er sie finden, bevor Paige es tut. Das einzige Problem dabei: Paige und Beck sind beide Passagiere desselben Zuges, so dass Beck nicht als der Abtrünnige agieren kann, wenn er sich nicht vor Paige verraten will.
Beck stimmt zu, sich mit Paige zu treffen, doch ihre Verabredung wird jäh unterbrochen, als Paige von Pavel angegriffen und in die Spiele geworfen wird. Beck sieht seine Chance, sie endgültig auf seine Seite zu ziehen und mit ihr als Abtrünniger Seite an Seite zu kämpfen.
Der Fremde, der erste Abtrünnige (inzwischen bekannt als CYRUS) kehrt nach Argon City zurück, um Rache an Beck und Tron zu nehmen. Beck wird gezwungen, sich zu entscheiden, ob er Tron oder Zed und Mara retten will.
Tron gesteht Beck, dass er sterben wird an dem Virus, den Dyson ihm implanitiert hat während Clu’s Machtübernahme. Es gibt nur einen Weg, Tron jetzt noch zu retten.