
Als junger Special Agent startet Gibbs 1991 beim NIS in Camp Pendleton. Gleich zu Beginn steht er vor einer brisanten Aufgabe: Gemeinsam mit seinem Mentor Mike Franks jagt er einen gefährlichen Scharfschützen. Eine Zusammenarbeit, die Gibbs' Schicksal für immer prägen wird.
Leroy Jethro Gibbs ist weiterhin auf der Jagd nach einem flüchtigen Scharfschützen. An der Seite seines Mentors Mike Franks stellt er sich neuen Herausforderungen und festigt seinen Platz im Team, während sich die Ermittlungen zuspitzen.
Eine männliche Leiche wird in der Nähe von Camp Pendleton gefunden. Dessen Partner, mit dem er zusammen Marihuana verkauft hat, gerät ins Visier der Ermittler. Das NCIS-Team kann den Mann schließlich in einem Einkaufszentrum stellen. Er beteuert, den sagenumwobenen „Mottenmann“ gesehen zu haben, der ihn zur Flucht zwang und dabei seinen Partner versehentlich tötete.
Das NCSI-Team wird zu einem Mordfall gerufen, der die Nachbarschaft in helle Aufregung versetzt: Es gibt nicht nur eine Tote, sondern auch ein vermisstes Mädchen. Gibbs kann die Kleine zwar nach einiger Zeit finden, doch sie möchte nicht mit ihm sprechen. Schließlich gelingt es ihm, zu ihr durchzudringen und mit ihrer Hilfe ein Phantombild zu erstellen.
Während der Countdown für eine Hinrichtung läuft, muss Franks den Aufenthaltsort einer vermissten Leiche eines zum Tode verurteilten Häftlings ausfindig machen und ein Versprechen einlösen, das er der Schwester des Opfers gegeben hat, bevor die Zeit abläuft.
Gibbs geht zum ersten Mal zusammen mit Lala undercover, während der NIS den Fall eines toten Marinesoldaten bearbeitet, der möglicherweise streng geheime Informationen weitergegeben hat, die eine Bedrohung für die nationale Sicherheit darstellen; Lala kämpft mit einer unerwarteten Entwicklung in ihrem Privatleben.
Ein verletzter Vogel in Gibbs’ Apartment weckt schmerzhafte Erinnerungen an Ereignisse vor acht Jahren: Gibbs wird mit gebrochenen Knochen und voller Trauer aus dem Krankenhaus entlassen und sinnt auf Rache für den Verlust seiner Familie. Franks, sein engster Vertrauter, verweigert ihm jedoch die entscheidende Information über die Täter …
Gibbs und das Team untersuchen den Fall eines Marinepriesters, der im Beichtstuhl ermordet wurde und möglicherweise versehentlich zum Opfer wurde. Unterdessen zeigt Randy Gibbs die Grundlagen der Personenschutzarbeit, während er selbst mit einer persönlichen Situation zu kämpfen hat.
Der Fall einer vermissten Frau, die nach einer Nacht in einem Club mit einem Matrosen der Marine verschwunden ist, führt das Team nach Mexiko. Sie wurde entführt, der Matrose unter Drogen gesetzt. Lala folgt der Spur nach Tijuana, wo sie auf ein Netzwerk stoßen, das bereits mehrere Frauen verschleppt hat. Die Ermittlungen führen zum Reynosa-Drogenkartell, dessen Anführer Hernandez eine dunkle Verbindung zu Gibbs’ Vergangenheit hat.
Lala ist nach den Ereignissen in Mexiko, und wegen Gibbs’ Vertrauensbruch, zutiefst erschüttert. Sie beschließt, das Team zu verlassen. Während Gibbs sich auf ein einsames Weihnachtsfest ohne seine Frau und Tochter vorbereitet, erreicht ihn eine erschütternde Nachricht: Seine Vermieterin Ruth ist schwer erkrankt.
Das Team untersucht den Tod von Captain Cameron Reid, dem Sohn von Lieutenant Alexander Reid. Handelt es sich tatsächlich um Selbstmord? Der Vater zweifelt an einem Suizid, doch die Beweislage ist komplex, denn es gibt Indizien in beide Richtungen. Während der Ermittlungen wird Franks von seiner Vergangenheit eingeholt …
Kowalski findet seine Asservatenkammer am frühen Morgen völlig verwüstet vor; im Safe fehlen 41.000 Dollar. Das Chaos und fehlendes Vertrauen seines Vorgesetzten setzen ihm so zu, dass er kurzerhand seinen Job kündigt. Während Herm damit beauftragt wird, die Aufräumarbeiten zu beaufsichtigen, muss das Team den Dieb des entwendeten Geldes schleunigst finden.
Der Fall des Kriegsveteranen Tom Molina geht Franks besonders nahe: Tom vermisst seinen Freund Pete und ist daher so neben der Spur, dass sein Leben ins Wanken gerät. Franks erkennt in Toms Verzweiflung vieles wieder, was auch ihm nach seiner Rückkehr hätte widerfahren können.
Das Team arbeitet am Fall eines Investmentberaters, der kurz nach seiner Entlassung aus dem Gefängnis tot aufgefunden wurde. Mary Jo steht nach einer unerwarteten Entwicklung in ihrem Privatleben unter Schock.
Ein grausamer Mord erschüttert das Team: Sergeant Joan Lewis wird verbrannt in ihrem Wagen gefunden. Franks ist davon überzeugt, dass dieser Fall mit dem Überfall auf seine Frau Tish zusammenhängt, von der er getrennt lebt.
Für Strickland ist der Fall „Sandman“ noch lange nicht abgeschlossen. Sie möchte tiefer in Jamison „Bugs“ Boyds Psyche eindringen, doch der blockt immer wieder ab. Plötzlich signalisiert er Gesprächsbereitschaft, und Strickland wittert die Chance, in den Kopf des Mörders zu blicken. Kurz vor dem Termin macht Bugs jedoch wieder einen Rückzieher – ein geheimnisvoller Anruf aus dem Gefängnis hat ihn umgestimmt.
Zusätzlich zum Druck durch seine Vorgesetzten, den entflohenen „Sandman“ endlich dingfest zu machen, muss Wheeler sich zu Hause auch noch mit seinem rebellischen Sohn herumschlagen. Indes wird das FBI erneut in den Fall involviert, was besonders Franks missfällt. Auch Gibbs ist wenig begeistert, alte Tonbänder zu sichten, anstatt aktiv zu ermitteln.
Lara Macy wittert ihre Chance: Um als Juristin bei der JAG durchzustarten, muss sie Gibbs’ Verwicklung in den Mord an Kartellboss Pedro Hernandez beweisen. Dafür spannt sie ihre Freundin Lala ein, die Gibbs zu einer Aussage bewegen soll.