
Nach den heftigen Explosionen erholt sich das FBI nur langsam von dem Terrorangriff. Während Isobel in der Klinik weiterhin um ihr Leben kämpft, übernimmt Jubel die kommissarische Leitung. Maggie und OA sollen eine Einbruchsserie auf einer Insel abseits des Festlandes aufklären. Dabei bekommen sie es jedoch mit den erzürnten Bürgern zu tun, die selbst für Gerechtigkeit sorgen wollen.
Das FBI verhaftet zwei Diebe, die wertvolle Gemälde aus einer Galerie entwendet haben. Schnell wird den Agenten klar, dass die beiden Männer nicht die Drahtzieher des Verbrechens sind und einen viel größeren Coup verschleiern sollten. Gelingt es den Agenten, die Auftraggeber dingfest zu machen, bevor sie das Land verlassen können?
Das FBI untersucht den Mord an einem jungen Mann, der tot in einem Industriegebiet aufgefunden wurde. Von seinem Onkel erfahren die Ermittler, dass das Opfer in Drogengeschäfte verwickelt war. Eine Spur führt Scola und seine neue Partnerin Ramos schließlich zu einer Motorradgang, die offenbar in den Fall verwickelt ist. Doch dann erwartet die Agenten eine böse Überraschung.
Nach einem Attentat auf Senatorin Hirsch ermittelt das FBI auf Hochtouren, um den Täter zu fassen. Maggie und OA sollen für die Sicherheit der Senatorin sorgen und sie nach Washington zu einer wichtigen Versammlung begleiten. Auf dem Flug dorthin machen die Agenten jedoch eine schreckliche Entdeckung.
Als der Unternehmer Alvin Quincy ermordet wird, nimmt das FBI die Ermittlungen auf. Ein Überwachungsvideo gibt schnell Aufschluss über die Täterin: Salma Bakari. Maggie und Eva setzen alles daran, die Frau aufzuspüren. Ihre Recherchen im Laufe des Falls enthüllen außerdem eine schreckliche Wahrheit.
Als der leitende Arzt einer Klinik, Dr. Rusk, entführt wird, nimmt das FBI die Ermittlungen auf. Schnell wird klar, dass es sich um mehrere Täter handelt, die früher allesamt Patienten bei Rusk waren. Als Isobel und ihre Kollegen eine verdächtige Frau vernehmen, erfahren sie von ihr eine schreckliche Geschichte.
Eine gigantische Explosion in Brooklyn ruft das FBI auf den Plan. Nach dem Brand eines Wohnhauses sterben acht Menschen. Nun gehen die Ermittler den Drahtziehern auf die Spur, denn Hinweise deuten auf eine vorsätzliche Fremdeinwirkung hin. Maggie, OA, Scola und Eva ermitteln im Ridgebury-Gefängnis, um die Verantwortlichen zur Strecke zu bringen. Derweil trifft Isobel eine folgenschwere Entscheidung, was ihre berufliche Karriere angeht.
Das FBI geht dem Mord an der Journalistin Holly Chandwell nach. Als deren Kameramann spurlos verschwindet, entdecken die Ermittler Hinweise auf eine mysteriöse Untergrundorganisation. Offenbar wollten Chandwell und ihr Partner deren geheime Machenschaften aufdecken. Können die Agenten die Verantwortlichen dingfest machen, bevor weitere Menschen zu Schaden kommen? Derweil setzt Omar alles daran, seine Beziehung zu Gemma zu kitten. Doch ist es dafür vielleicht schon zu spät?
Drei tote Prostituierte geben den Ermittlern zunächst Rätsel auf. Schon bald wird klar, dass die Morde mit einem viel größeren Attentat zusammenhängen: Der Täter plant einen Anschlag in New York, der die gesamte Stadt lahmlegen soll. Als das FBI den Verdächtigen Warren Stroud festnimmt, haben die Agenten alle Hände voll zu tun, um dessen Hintermänner ausfindig zu machen. In der Zwischenzeit sorgt eine gigantische Explosion in der Innenstadt für jede Menge Chaos.
Eine gigantische Explosion versetzt Manhattan in Angst und Schrecken. Während das FBI versucht, die Verantwortlichen des Anschlags zu fassen, macht sich Jubal große Sorgen um Tyler, der vor Ort schwer verletzt wurde und nun im Koma liegt. Wie sich herausstellt, steckt eine Gruppe von Terroristen hinter der Zerstörung. Doch bevor die Ermittler die Täter zur Strecke bringen können, holen die bereits zum nächsten Gegenschlag aus.
Nina ermittelt verdeckt gegen einen bekannten New Yorker Drogenclan. Als ein geplanter Deal mit dem mexikanischen Kartell jedoch platzt, geraten sie und ihre Kollegin Maggie in große Gefahr. Während die Agenten alles daran setzen, die Drahtzieher zur Strecke zu bringen, nimmt der Fall für Scola eine unerwartete Wendung.
Zwei wichtige Informanten aus dem Zeugenschutzprogramm werden ermordet. Eine Spur führt das FBI zu einem Auftragskiller, der bereits polizeibekannt ist. Schnell wird klar, dass noch jemand anderes hinter den Attentaten stecken muss. Dabei stoßen die Agenten auf einen Namen, mit dem sie nicht gerechnet hätten.