Da Hanna Zeiler aus ihrem Motorradurlaub noch nicht zurückgekehrt ist, muss sich Micha Oberländer mit der österreichischen Abteilungsinspektorin Luisa Hoffmann auseinandersetzen. Gleichzeitig muss er in das intime Geflecht einer nur scheinbar konventionellen Familie vordringen. Der leblose Körper eines Mannes wird im Wald nahe des Bodensees gefunden und gibt dem Duo ein düsteres Rätsel auf. In der notdürftigen Unterkunft des Opfers werden Fotos der Familie von Professor Lambeck, Leiter der psychiatrischen Klinik am Bodensee, gefunden, auf denen jedem Familienmitglied die Augen ausgestochen wurden. Als das gehörlose Mädchen Theresa „Trischa“ Neubauer, das die Ermittler im Wald beobachtet zu haben scheint, nicht mehr auffindbar ist, wird der Kreis der Verdächtigen weiter ausgedehnt. Weder Lambeck selbst noch seine Frau Susan Lambeck, deren Tochter oder ihr Freund, wollen das Opfer gekannt haben. Aber warum hatte der Mann die Familie fotografiert? Wofür wollte er sich an ihr rächen?
Als der von Kopfschmerzen, Albträumen und Erinnerungslücken geplagte Oberländer morgens zum Tatort an einer einsamen Landstraße kommt, verschweigt er den Kollegen Komlatschek und Hoffmann, dass ihn mit dem Opfer eine vage Erinnerung verbindet. Der Tote Jonas Merlau wurde überfahren. Fehlende Bremsspuren und Reifenspuren am Straßenrand deuten auf Tötungsabsicht hin, und da es keine Zeugen gibt, ist der Fahrer erstmal unauffindbar. Die Rekonstruktionen ergeben, dass das Opfer und seine Freundin Aisha an den Bodensee gekommen sind, um ein Segelboot zu kaufen. In der Mordnacht sollte der Verkauf im Restaurant „Glashaus“ stattfinden, aber der Verkäufer ist nicht erschienen. Oberländer erinnert sich daran, ebenfalls an dem Abend im „Glashaus“ gewesen zu sein, aber seine Erinnerunglücken geben ihm weitere Rätsel auf, bis ihm ein furchtbarer Verdacht kommt.
Drei Tage nach ihrem Verschwinden wird die Leiche einer Frau tot aus dem Bodensee geborgen. Das Tauchgewicht um ihren Hals und eine frische Schädelverletzung deuten auf einen Mord hin. Genauso offen wie die Frage nach dem Täter ist auch, warum sich das Opfer in den vergangenen Wochen so stark verändert und angefangen hat, abstrakte Geisterbilder zu malen. Weshalb war die Frau plötzlich so besessen von den Geistern des Bodensees? Und was steckt hinter der gleichgültigen Fassade des Ehemanns des Opfers? Oberländers Leben ist ebenfalls von Familienproblemen geprägt. Ob die ruhige, mystische Tiefe des Bodensees Oberländer und seiner Tochter helfen kann, die traumatischen Erfahrungen des vorangegangenen Falls hinter sich zu lassen?
Jana Wenzel findet ihren Ehemann Christoph erdrosselt auf. Aus der geheimen Instrumentensammlung des Ermordeten fehlt eine seit Jahrzehnten verschollene Stradivari: die „Messias“. Ein Mythos besagt, dass derjenige, der diese Violine spielt, eines gewaltsamen Todes sterben wird. Hat hier der Fluch seinen Tribut gefordert, oder ist das Mordmotiv doch eher weltlich? Das Opfer war Kunde eines Hehler-Rings für antike Instrumente. Und dessen Anführer Antonio Zübert wurde Jahre zuvor von einer verdeckten Ermittlerin überführt, an der er Rache zu nehmen droht: Luisa Hoffmann. Als Hoffmann plötzlich mit ihrer Vergangenheit konfrontiert wird, muss sie nicht nur um ihr Leben fürchten. Auch ihre Vertrauensbeziehung zu Oberländer wird auf eine harte Probe gestellt.
Amanda (16) wird nachts verletzt in Dresden gefunden, mit einem blutigen Skalpell und der Behauptung, ihr Vater verfolge sie. Sie erzählt von langjähriger Gefangenschaft im Keller und einer dort zurückgelassenen Schwester. Während die Polizei zweifelte, glaubte Kommissarin Winkler ihr. DNA-Spuren führen zum Vater, der alles abstreitet. Als eine Ärztin ermordet wird, gerät Amanda selbst in Verdacht.
Am Ufer des Bodensees wird die Leiche von Vera Grimm (Victoria Hauer) angeschwemmt. Als das Ermittler-Duo Luisa Hoffmann (Alina Fritsch) und Micha Oberländer (Matthias Koeberlin) Veras Schwester Ronja (Helene Stupnicki) und deren bereits aktenkundigen Ehemann Andy Löffler (Andreas Kiendl) die traurige Nachricht überbringen, bemerken sie, dass deren Sohn Augustin entführt wurde. Dahinter steckt mit Dominik Haas (Erol Nowak) ein früherer Komplize von Andy, der ihn zur Herausgabe der Medusa, einer wertvollen Feingoldbüste, zwingen will...
Für die Fischerin Victoria Ludolf mutet es wie eine Szene aus einem Horrorfilm an, als ihr mitten auf dem Bodensee ein zerfallenes Boot entgegentreibt. An Bord die festgebundene und bereits skelettierte Leiche des 16-jährigen Roman Steingass, der als Hauptverdächtiger im Mordfall Anouk Bergdorf vor 15 Jahren spurlos verschwand. Oberländer war seinerzeit leitender Ermittler und steht jetzt erneut den traumatisierten Familien von Anouk und Roman gegenüber. Als Fischerin Ludolf einen Tag später ebenfalls ermordet und mit einem Stück Seil vom Geisterschiff in der Hand aufgefunden wird, nimmt der Fall eine dramatische Wendung, denn plötzlich sind sämtliche Beteiligte des alten Mordfalls verdächtig.